Une fois le projet approuvé, le chef de file et l’ensemble des partenaires travaillent à sa mise en œuvre dans le respect des règles communautaires qui viennent les guider.

A l'issue de la procédure de sélection, l'Autorité de gestion notifie au chef de file du projet la décision de programmation ou la décision motivée de rejet de la demande. Le chef de file en informe l'ensemble des partenaires qui à leur tour font part de la décision du Comité de sélection à leurs cofinanceurs.

Pour les projets programmés, la mise en oeuvre officielle commence avec la signature de la convention d'attribution de la subvention FEDER entre le chef de file du projet, intervenant au nom de tous les partenaires, et l'Autorité de gestion.
La convention FEDER définit les conditions de mise en oeuvre et les modalités de versement de la subvention, ainsi que les obligations des partenaires en matière d'exécution, de suivi financier et physique, et de publicité. Elle indique également les services responsables de la certification des dépenses et du contrôle de l'opération.

Chaque partenaire doit tenir une comptabilité pour les activités dont il a la charge, en contact avec son service de contrôle et de certification auquel il fait parvenir régulièrement un état des dépenses réalisées dans le cadre du projet ainsi que les pièces justificatives.

Au statut de chef de file sont attachées un certain nombre d'obligations majeures, financières et juridiques :

• Il représente tous les partenaires face à l'Autorité de Gestion, l'Autorité de Certification, le Secrétariat Technique Conjoint et les Etats-membres, ainsi que devant la Commission européenne,

• Il est le bénéficiaire de la subvention FEDER et signe le contrat de subvention avec l'AUG,

• Il est responsable de la coordination, de la réalisation et de la gestion financière et budgétaire du projet,

• Il s'engage à respecter la convention interpartenariale signée avec chacun des partenaires,

• Il recueille les demandes de remboursement des dépenses certifiées par les partenaires, procède aux demandes de versement des crédits FEDER, et transfère aux autres partenaires, dans les délais les plus brefs et intégralement, leurs quotes-parts respectives,

• Il organise et tient la comptabilité d'ensemble du projet et recueille les documents comptables en s'assurant que chaque partenaire tient une comptabilité relative à sa participation au projet,

• Il conserve et rend disponible, sur demande de la Commission, de l'AUG et des autorités nationales, toute la documentation relative à la mise en oeuvre du projet, jusqu'à trois ans après le paiement des soldes,

• Il accepte le contrôle des services communautaires compétents et des administrations qui cofinancent le projet en ce qui concerne sa mise en oeuvre et l'utilisation de la subvention accordée.

Le chef de file bénéficiaire s'engage également à assurer l'information et la publicité de l'intervention, conformément aux Règlements (CE) n° 1083/2006 et 1828/2006.

L'ensemble des partenaires ont pour obligation de tenir la comptabilité de leurs dépenses.

Chaque partenaire certifie ses dépenses auprès d'un auditeur agréé selon les modalités nationales en vigueur.
Le chef de file compile ces dépenses et les envoie à l'AUG/STC.

L'AUG, assistée par le STC, reçoit les demandes régulières certifiées, les vérifient et les envoie à l'Autorité de certification.
L'Autorité de certification vérifie à nouveau les demandes puis procède au paiement des sommes FEDER au Chef de file.
Le Chef de file redistribue les sommes aux partenaires, conformément aux dispositions certifiées.

La fréquence des phases de remboursement reste à déterminer par le Comité de suivi mais elle sera au moins semestrielle.

Les dispositions relatives aux modifications éventuelles apportées aux projets n'ont pas encore été déterminées définitivement par le Comité de suivi.

Les informations suivantes sont donc données sous réserve de modifications à venir.

De légères modifications peuvent être apportées au projet en faisant parvenir au STC une simple notification. Il s'agit de modifications portant sur les lignes budgétaires et n'excédant pas 10 % du budget total.

Pour les modifications importantes que sont l'ajout ou le départ d'un partenaire ou les modifications de lignes budgétaires portant sur plus de 10 % du budget, une demande préalable doit être déposée auprès du STC et la modification doit être acceptée par le Comité de suivi.